FileZilla Server – моќен FTP сервер со напреден сет на функции. Софтверот се состои од сервер кој работи како системска услуга и апликација со поддршка на далечинскиот управувач што управува со овој сервер. FileZilla Server поддржува протоколи за RTP, SFTP и FTPS и обезбедува сигурно ниво на заштита на податоците поради енкрипција на SSL. FileZilla серверот ви овозможува да го ограничите пристапот на корисникот до серверот, да ги блокирате преземањата од сервери или внатрешни IP адреси, да го прилагодувате соодносот на компресијата на пренесените датотеки, да ја ограничите максималната брзина на преземање и сл. FileZilla Server собира статистика за активноста на FTP сервер во реално време кој овозможува откривање на корисници кои моментално преземаат датотеки или се вклучени во нелегални активности.